تشكيل المجالس الفرعية بالمنطقة قرار وزاري من معالي رئيس مجلس الخدمات الصحية بعد ترشيح رئيس للمجلس الفرعي من أمين عام المجلس المركزي لإعتماد المنشأت الصحية ويقوم الرئيس بترشيح بقية الأعضاء بما يتناسب مع حاجة المنطقة ومشاركة كافة القطاعات الصحية بها لتحقيق أهداف المجلس و يرشح أميناً للمجلس لتولي تنفيذ أعماله وتوصياته .
ويرتبط أمين المجلس الفرعي بالمنطقة بالأمين العام للمجلس المركزي ويتم الصرف على كافة أنشطة ذلك المجلس الفرعي من ميزانية المجلس المركزي ويجتمع المجلس الفرعي بشكل شبه شهري لمناقشة ومتابعة الخطط على أن يرفع أمين المجلس تقريراً عن كل إجتماع للأمين العام .